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晶胞模型制作网站新上映_高中常见晶胞图(2024年12月抢先看)

内容来源：东为网络所属栏目：导读更新日期：2024-12-04

晶胞模型制作网站

Diamond秘籍：晶胞可视化最近一周，我在Diamond软件中探索了不少新功能，学到了一些实用的技巧，比如如何添加假原子来创建拓扑图。今天，我想和大家分享一些基本的操作总结，帮助那些刚开始使用Diamond的朋友们。测量工具 𐟓 Diamond提供了多种测量工具，包括测量距离、角度、扭角和平面。你可以使用这些工具来分析晶胞和分子结构。例如，Measure Distances可以让你测量两点之间的距离，而Measure Angles则可以测量两个平面之间的角度。这些工具在界面下方也能找到，非常方便。改变晶胞堆积数量 𐟧銦œ‰时候，我们需要调整晶胞的堆积数量来更好地理解晶体结构。Diamond允许你轻松地改变晶胞的堆积数量，只需在界面中选择相应的选项即可。这个功能对于研究晶体生长和结构优化非常有用。修改图例中原子符号的大小 𐟖‹️ 在绘制晶胞时，原子符号的大小可能会影响视觉效果。Diamond允许你调整图例中原子符号的大小，使其更符合你的需求。这个功能特别适合那些需要精细调整图像细节的科研人员。改变晶胞边框的颜色、粗细和风格 𐟎芦™𖨃ž边框的颜色、粗细和风格也可以根据需要进行调整。例如，你可以选择不同的线型（实线、虚线、点线等），或者调整线的粗细来突出显示某些重要的晶胞边界。这些功能可以帮助你更好地理解和展示晶体结构。其他工具 𐟛 ️ 除了上述基本操作外，Diamond还提供了许多其他工具，如POV-Ray、Building Scheme Manager和Design Scheme Manager等。这些工具可以帮助你创建更复杂的晶体结构模型，并进行各种模拟和计算。希望这些操作总结能帮助你更好地使用Diamond软件，探索更多有趣的晶体结构可视化功能！如果你有任何问题或需要进一步的帮助，欢迎随时留言讨论。

VASP优化经验：让你的计算更高效！ 𐟔 结构优化小贴士： 1️⃣ 别在远离局部最小值的地方浪费时间。先用宽松的设置进行初始优化，比如用gamma点进行k点网格优化，弛豫原子位置时用400eV的截断能。然后再用所需的参数进行细优化。 2️⃣ 改变晶胞形状或体积的几何优化时，确保ENCUT > 1.3*ENMAX（ENMAX可以在POTCAR中找到），以防止Pulary应力。对于含有碳的结构，推荐使用520 eV的最小截断能。 3️⃣ 几何优化的第一步通常会有最高的SCF迭代次数。如果第一步没有在NELM的限制范围内进行电子收敛，也没关系。尽量让第一步在NELM限制范围内收敛，否则会浪费大量时间。 4️⃣ 根据经验，通常将EDIFFG设置为0.05 eV/ㅦˆ–更低，用于优化。个人推荐0.03 eV/ㅦˆ–更低。对于大型容易形变的材料，任何大于0.03 eV/ㅧš„值都可能太高。记住，在VASP中，如果想使用一个基于最大净力而不是总能量变化的收敛阈值，EDIFFG必须是负值。 5️⃣ 当对原子位置和细胞形状/体积进行全面优化时，最好分阶段进行。通常明智的做法是先进行原子位置的弛豫（ISIF=2），然后再进行体积和形状的优化（ISIF=3）。这将会大大减少不收敛的情况。 6️⃣ 如果你的材料只能建立真空层模型作为模拟单元，千万不要用ISIF=3来优化单元体积，因为它只会减少/消除真空。你需要手动调节晶格参数，通过这种方式找到全局能量最小值。 7️⃣ 在进行优化时，除非你确定需要约束对称性，否则你最好设置ISYM=0。尽管这样做会增加计算成本，但它允许体系达到局部最小值，不这样做就无法获得。这样设置的话，不必担心与SYMPREC有关的错误。尽管ISYM=0，有时会出现一些对称性问题。解决这些问题，可以设置SYMPREC=1.0e-8。 8️⃣ 如果你想停止一项工作，但希望它仍然输出任何WAVECAR或CHGCAR文件，在工作目录中创建一个名为STOPCAR的文件，并写入LSTOP=.TRUE。

科研绘图必备软件推荐，提升工作效率！根据大家的需求，我整理了一些常用的科研绘图软件，分享给大家𐟓Š✨ 1️⃣ Photoshop (PS) - 主要用于后期调色和排版，让你的图片更加专业。 2️⃣ Premiere (PR) - 视频剪辑的好帮手，剪视频时偶尔用一下。 3️⃣ After Effects (AE) - 视频特效的魔法师，光电雨等效果都能轻松实现。 4️⃣ BR & Eagle - 整理素材的好工具，让你的科研工作更加有条不紊。 5️⃣ Adobe XD - UI设计和UX设计的好帮手，偶尔用一下。 6️⃣ Illustrator (Ai) - 矢量图形绘制工具，插画师的好伙伴。 7️⃣ Cinema 4D (C4D) - 三维图形建模的利器，付费选手必备。 8️⃣ Octane - 无偏差渲染器，让你的图片更加真实。 9️⃣ Redshift - 有偏差渲染器，适合做焦散效果，比Octane稍难。 𐟔Ÿ VMD - 分子可视化软件，制作分子结构模型的好帮手。 1️⃣1️⃣ Chimera & Pymol - 蛋白质结构制作工具。 1️⃣2️⃣ Materials Studio - 材料原子结构制作软件，量化计算的好帮手。 1️⃣3️⃣ Vesta & ToposPro & Diamond - 晶体结构制作工具。 1️⃣4️⃣ Real Flow - 流体模拟软件，制作水、牛奶等液体效果。 1️⃣5️⃣ World Creator - 大场景地形环境制作工具。 1️⃣6️⃣ Chem3D & Gauss View - 简单分子结构制作软件。 1️⃣7️⃣ OBS - 视频录制软件，记录你的科研过程。 1️⃣8️⃣ iPad Procreate - 手绘工具，随时记录灵感。这些软件都是科研绘图的好帮手，大家可以根据自己的需求选择使用哦𐟓✨

PyMOL可视化离子通道的三种方法最近在研究离子通道，发现它们真是生物学的宝藏。离子通道型受体，顾名思义，就是那些本身就带有离子通道的受体，比如配体门通道（ligand-gated channel）。它们主要存在于神经和肌肉等可兴奋细胞中，信号分子是神经递质。说到可视化离子通道，PyMOL可是个得力助手。其实，有一个叫CavitOmiX的插件特别适合用来识别离子通道。它是为Schrodinger的PyMOL量身定做的，非常实用。通过这个插件，你可以从任何输入结构中分析蛋白质空腔。直接在PyMOL WIKI上搜索CavitOmiX就能找到它的网站。现在，你可以用晶体结构和一些最先进的AI模型，比如OpenFold（由NVIDIA的BioNeMo服务支持）、DeepMind的AlphaFold以及Meta的ESMFold，来深入研究你的蛋白质、空腔和结合位点。更酷的是，只需输入任何蛋白质序列，你就能得到由OpenFold或ESMFold预测的结构，并在几秒钟内加载到你的PyMOL中。下面我用乙酰胆碱受体孔道（PDB：1OED）来展示一下具体操作。蛋白结构展示 𐟓Š 首先，打开PyMOL，导入你的蛋白结构。图1展示了一个蛋白结构示例。使用CavitOmiX 𐟔 在CavitOmiX的操作界面中，切换到“detect cavities”选项，选中你的蛋白结构进行run操作。如图3所示。分析空腔 𐟧슦Ž夸‹来，切换到“analyze cavities”选项，进行分析和展示。选中排名第一的空腔进行展示。如图5所示，选中“display cavities”即可。结果如图6所示。调整参数 ⚙️ 你还可以通过调整setting中的参数来识别不同大小的离子通道。例如，调整probe radius的大小。我一般会调大到“2.5”，这样只展示最大的离子通道空腔。然后重复之前的detect cavities和analyze cavities操作。最终结果如图7所示。总结 𐟓 通过这些步骤，你可以用PyMOL和CavitOmiX来可视化离子通道。这只是冰山一角，PyMOL还有更多强大的功能等你探索。Happy PyMOL-ing！𐟎‰

AI新模型快速预测材料光学性质据美国趣味工程网站近日报道，日本东北大学和美国麻省理工学院科学家，成功开发出一款新人工智能（AI）模型GNNOpt。该模型能以与量子模拟相同的精度预测材料的光学性质，但速度能快100万倍。研究团队表示，这一重要进展有望加速光伏和量子材料的研发步伐。推进太阳能电池、光子集成电路以及量子计算等领域的发展，离不开对材料光学特性的深入了解。但现有的实验方法，如激光测试，受到光波波长范围的限制。而模拟计算成本高昂，且需要满足严格的标准。因此，科学家一直在寻找替代方法，以快速预测不同材料的光学性质。此前，图形神经网络（GNN）机器学习模型已经问世。这种模型通过将原子表示为图形中的节点，原子键表示为图形的边，可形象地表示分子和材料。但GNN在捕捉晶体复杂结构之间的细微差别方面存在困难，这限制了它在预测材料特性方面的广泛应用。新AI模型则另辟蹊径，以材料的晶体结构为输入，能在极短时间内，以惊人的准确性，在更宽的光频率范围内预测材料的光学特性。一旦科学家掌握某种光学性质，就可借助相关公式，推导出其他光学性质。新AI模型成功的秘诀在于“集成嵌入”技术。这项技术赋予了AI从多种数据集中学习的能力，使其变得更加精确且通用。研究团队称，他们的新AI模型能够准确预测晶体结构的光学性质，为广泛应用打开了大门，特别是为先进太阳能电池和量子材料的筛选提供了强有力的支持。他们计划创建包含各种材料特性（如力学和磁性）的综合数据库，以进一步扩展该AI模型的功能。

叶县中国岩盐博物馆，一次神奇的盐文化之旅前段时间去了叶县中国岩盐博物馆，那一趟游玩真的让我大开眼界，对盐有了全新的认识。一进博物馆，就被它那独特的建筑风格所吸引。外观看起来很现代又大气，走进去后，里面的空间宽敞明亮。我首先来到了岩盐历史文化展区，这里展示了盐从古代到现代的发展历程。我了解到盐在人类历史上有着极其重要的地位，它不仅是生活必需品，还在经济、文化等方面都有着深远的影响。看着那些古老的盐制工具和关于盐运的历史图片，仿佛能看到古人在艰苦的条件下如何开采和利用盐，心中不禁对他们的智慧和勤劳充满了敬佩。在博物馆的地质展区，我看到了各种关于岩盐形成的模型和介绍。原来岩盐是在地下经过漫长的地质作用形成的，那些晶体结构美丽而神奇。通过展示的地质剖面图和实物样本，我对地球的内部构造和岩盐的形成过程有了更直观的理解，感觉大自然真的是太奇妙了。博物馆里还有一些互动体验区，非常有趣。我体验了一把虚拟的盐矿开采，通过操作设备，仿佛自己真的在矿井里工作一样，感受到了盐矿工人的辛苦。还有一个关于盐的科普小实验区，工作人员现场演示了盐的一些特性和实验，让我更深入地了解了盐的化学性质。在博物馆里，我还看到了许多用盐制作的艺术品，精美的盐雕作品栩栩如生，让人惊叹不已。有雕刻的人物、动物，还有一些美丽的风景，这些作品不仅展示了艺术家的高超技艺，也让盐这种平凡的物质焕发出了别样的光彩。这次去叶县中国岩盐博物馆游玩，我学到了很多关于岩盐的知识，也感受到了盐文化的博大精深。这里不仅是一个了解历史和科学的好地方，还充满了趣味和惊喜。以后有机会，我一定还会再来这里，继续探索盐的奥秘。也推荐大家都来这里看看，相信你们也会对盐有一个全新的认识，并且会被这里丰富的展示和体验所吸引。#周末去哪儿玩#

简介真核生物的转录是一个复杂的过程，涉及多种蛋白质和RNA分子的相互作用。X射线衍射技术在解析这些分子复合体的三维结构方面发挥了重要作用，极大地推动了真核转录机制的研究。通过揭示转录因子、RNA聚合酶和其他相关蛋白的结构，科学家们深入了解了真核转录的分子基础。 X射线衍射技术 X射线衍射是一种用于确定晶体结构的强大工具。其基本原理是通过X射线照射晶体样品，产生衍射图案，并通过解析这些图案来推导分子的三维结构。以下是X射线衍射技术在真核转录研究中的应用步骤：样品制备制备高质量的晶体是X射线衍射成功的关键。由于转录复合体通常是大型、多亚基的蛋白质复合物，结晶较为困难。科学家们通过优化结晶条件和使用特殊的添加剂，成功获得了多种转录相关蛋白和复合物的晶体。数据采集使用同步辐射光源进行数据采集。同步辐射光源具有高亮度和高稳定性，能够产生高分辨率的衍射数据。通过多角度、多波长的数据采集，可以获得完整的衍射图案。数据处理对衍射数据进行处理，去除噪声和背景信号。使用专业软件对衍射图案进行解析，确定分子的晶格参数、对称性和空间群。通过傅里叶变换将衍射数据转换为电子密度图，从而构建分子的三维结构模型。真核转录的关键复合体 RNA聚合酶II RNA聚合酶II（Pol II）是真核转录的核心酶，负责合成mRNA。利用X射线衍射技术，科学家们解析了Pol II的三维结构，揭示了其多个功能域和亚基的排列方式。这一结构为理解Pol II的催化机制和转录起始、延伸及终止过程提供了分子基础。转录因子转录因子是调控基因表达的重要蛋白，通过结合特定的DNA序列来启动或抑制转录。X射线衍射技术帮助科学家们解析了多个转录因子的结构，如TBP（TATA盒结合蛋白）和TFIIB等。这些结构揭示了转录因子如何识别DNA并与RNA聚合酶相互作用的分子机制。转录前起始复合体转录前起始复合体（PIC）由RNA聚合酶II和多种转录因子组成，负责在启动子区域组装并启动转录。利用X射线衍射技术，科学家们解析了PIC的高分辨率结构，揭示了各组分之间的相互作用和组装机制。这一结构为理解转录起始提供了重要的分子基础。重要发现和研究进展转录起始机制通过解析转录前起始复合体的结构，科学家们揭示了转录起始的分子机制。特别是，RNA聚合酶II如何与启动子DNA结合、转录因子如何促进Pol II的招募和定位，以及启动子开裂和转录起始的过程。转录延伸和调控 X射线衍射技术还揭示了转录延伸过程中RNA聚合酶II与DNA和RNA的相互作用。科学家们发现了Pol II的结构变化及其在核苷酸添加和校对过程中的作用。此外，研究还揭示了多种转录调控因子如何通过结合Pol II或调控其活性来调节转录延伸。转录后加工在转录过程中，mRNA需要经历一系列加工步骤，包括加帽、剪接和加尾。X射线衍射技术帮助科学家们解析了参与这些过程的多种酶和复合物的结构，如加帽酶和剪接体等。这些结构为理解mRNA加工的分子机制提供了重要信息。应用前景基因调控研究解析真核转录复合体的结构，为理解基因调控的分子机制提供了重要基础。这对于研究基因表达的调控网络、揭示基因功能和疾病机制具有重要意义。药物设计结构生物学研究为开发靶向转录因子或RNA聚合酶的药物提供了新的思路。例如，设计能够特异性抑制RNA聚合酶活性或阻断转录因子-DNA相互作用的药物，有望用于治疗癌症和其他与基因表达异常相关的疾病。合成生物学通过了解真核转录的分子机制，科学家们可以设计和构建新的转录调控元件，用于合成生物学和基因工程应用。例如，开发能够精确控制基因表达的人工转录因子和开关，推动生物技术和生物医学的进步。结论利用X射线衍射技术，科学家们成功解析了多种真核转录相关蛋白和复合物的结构，揭示了真核转录的分子基础。这一系列研究极大地推动了对基因表达调控机制的理解，为基因调控、药物设计和合成生物学等领域的研究提供了重要的理论基础。随着技术的不断进步，X射线衍射技术将在揭示复杂生物分子结构和功能中继续发挥重要作用。

PKU物理博士为留学生提供全方位辅导 𐟌Ÿ 我们是PKU的物理学在读博士，专注于天体物理及其他物理领域的辅导。我们的团队拥有丰富的辅导经验，已经帮助数百名来自英美澳新加等国的留学生顺利完成学业。 𐟌Œ 天体物理：星系演化、黑洞、宇宙背景辐射、暗物质、宇宙学模型等。 𐟌 量子力学：量子态、薛定谔方程、量子纠缠、量子测量等。 𐟌Œ 相对论与广义相对论：狭义相对论、四维时空、引力波、黑洞物理等。 𐟌 电动力学与电磁学：麦克斯韦方程、电磁波、光波传播、天文观测等。 𐟌 粒子物理：标准模型、粒子加速器、粒子反应等。 𐟌 热力学与统计物理：熵、热力学势、统计集合、玻尔兹曼分布等。 𐟌 固体物理与半导体物理：晶体结构、电子能带、超导性等。 𐟌 计算机与电子信息类：信号处理、电子电路设计、电气工程相关知识等。 𐟌 其他物理领域：光学、原子物理、量子场论、高等统计物理等。 ✔ 我们不仅深入讲解理论知识，还会结合实验和天文观测数据，帮助学生强化理解。 ✔ 通过结构化的学习计划和讲解方式，帮助学生在较短时间内突破难点。 ✔ 我们的辅导服务不仅限于天体物理，还包括计算机科学、电气工程、机械工程等多个领域。 𐟌Ÿ 1v1 在线辅导：根据学生需求定制辅导计划，帮助学生快速掌握知识要点。 𐟌Ÿ 作业答疑 | 考试辅导 | 习题讲解 | 技术问题解答

剑桥材料学大一新生体验分享在剑桥读自然科学，大一的时候需要选三门科学课程，所以很多人都会接触到一门新的学科。今天就来聊聊我对材料学的初体验吧！材料学初探 𐟗“️ 材料学这门课每周有三节讲座（lecture）和一节研讨（supo）。讲座的内容包括晶体结构、晶格、堆叠方式等等，还有一些关于如何索引晶体内的向量和平面的介绍。这个课程需要一定的空间想象力，但也是最重要的一门，因为后面的内容都会基于晶体结构来分析性质。实验环节 𐟔슦‘訿˜有一节实验课，大约75分钟。实验内容涵盖了从晶体结构到物质的旋光性、介电性、磁性以及固态离子晶体的导电性等方面。实验设计得还挺有趣的，每次都能学到不少新知识。课程安排 𐟓š 第一学期： Course A：主要讲晶体结构，晶格、堆叠方式等，还需要一定的空间想象力。这个课程是后面内容的基础。 Course B：从晶体结构的角度解释了物质的旋光性、介电性、磁性和固态离子晶体的导电性。 Course C：介绍了X光晶体衍射的原理，用简单的数学模型分析衍射结果，根据实验数据分析晶体结构。第二学期： Course D：从吉布斯自由能的角度解读相图（温度 vs 组成），了解不同相之间的转化，以及不同加工方式对最终微观结构的影响。 Course E：这个课程有点难，先是讲了弹性变形中材料内部分子结构的变化，然后是位错理论，最后是断裂力学。第三学期： Course F：生物材料，比如蛛丝、木头等，如何选择合适的材料。 Course G：极端条件下的材料，研究不同压强下同一晶体的不同结构，过冷、过热对材料性质的影响，辐射损伤等。讲座与研讨 𐟑袀𐟏늨𚧧š„内容有时候会有点枯燥，尤其是E课，听着听着就容易睡着了。不过研讨课的题目量不大，但每道题都很有启发性，做完后感觉学到了很多。实验课 𐟧ꊥꌨﾥ’Œ讲座是同步进行的，互相补充。第二学期还有一个项目，要求拆解计算器，分析各个元件，并写一份报告。总体来说，这门课对新手友好，可以学到很多新东西和新思路。不过身边大多数人都不太喜欢这门课。总的来说，材料学是一门既有挑战又有趣的课程，虽然有些枯燥的地方，但也有很多令人兴奋的内容。如果你对材料科学感兴趣，不妨试试这门课！

𐟌探索峨眉地质奇观，开启科学之旅！ 2024年3月26日，四川首个“全国中学生地球科学科普教育基地”在西川汇锦都学校正式揭牌，标志着全国第二家此类基地的成立。这个基地不仅为四川的中学生提供了接触地球科学的宝贵机会，也是全国中学生地球科学科普教育的重要补充。 𐟌Š四溪沟溶洞：探秘喀斯特地貌的奥秘四溪沟溶洞以其独特的喀斯特地貌吸引着学生们。在这里，学生们可以近距离观察钟乳石、石笋和石柱等地质构造，了解碳酸钙沉积的过程以及地下水在溶洞形成中的作用。通过探讨溶洞的地质年代，学生们还能感受到古气候和古环境的变化。 𐟏ž️成都理工大学地质标本园：地质学的宝藏成都理工大学地质标本园是一个充满宝藏的地方，这里汇集了各种岩石、矿物和化石标本。学生们可以在这里系统地学习地质学的基础知识，包括岩石圈的构造、岩石的分类以及矿物的晶体结构和物理性质。 𐟏”️峨眉山地质地貌沙盘：峨眉山的缩影峨眉山地质地貌沙盘是一个微缩模型，展示了峨眉山的地质构造、地貌特征和地质演化过程。通过沙盘，学生们可以直观地了解峨眉山的地质背景，如褶皱、断层、侵蚀和沉积等地质现象。 𐟔婾™门硐：玄武岩与断层构造的探秘龙门硐是研究玄武岩和断层构造的理想地点。学生们可以在这里观察玄武岩的柱状节理、气孔构造等特征，了解其形成过程及火山活动的地质背景。同时，还能学习断层的类型及其对地壳运动的影响。 𐟒祍Š山溶洞W16号泉：地下水的秘密半山溶洞W16号泉是研究地下水流动和溶洞发育的重要地点。学生们可以在这里学习地下水的循环过程、溶蚀作用及其在溶洞形成中的作用。通过探讨泉水的水化学特征，学生们还能了解地下水的补给、径流和排泄过程。这些研学线路不仅帮助中小学生了解地球科学，还为后续参与地球科学活动及竞赛打下了坚实的基础。通过这些实地考察和实验室研究，学生们能够更深入地理解地球的科学原理，激发对地球科学的兴趣和热情。

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