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siRNA转染实验步骤及要点详解 siRNA转染步骤: 以EpFed转染试剂转染siRNA/质粒于24孔板,siRNA浓度为50nM为例。 1)储存液准备:siRNA使用前瞬时离心,用RNase-free H2O或灭菌ddH2O配制成20/L储存液,分装保存,避免反复冻融(建议不超过5次)。 2)细胞接种: 贴壁细胞:转染前24小时接种0.5 - 2㗱05个细胞,转染时细胞融合度为30 - 50%。(铺板时要将细胞消化完全混匀,避免细胞堆积生长) 悬浮细胞:转染前24小时接种0.5 - 2㗱05个细胞,转染时细胞数量应在4 - 8㗱05/孔。 3)转染步骤: A. 用25 ⵌ Opti-MEM(或不含抗生素和血清的DMEM培养基)稀释1.25 siRNA(20/L储存液)/500ng质粒,并用枪轻轻吹打3 - 5 次混匀,再加入1.0 ⵌEpFed转染试剂,用枪轻轻吹打3 - 5 次混匀,不可Vortex或离心。siRNA转染细胞的终浓度为50 nM,室温孵育20分钟。 B. 按照24孔板每孔25ⵌ转染试剂-siRNA/质粒混合物,均匀加入到24孔细胞板中,前后轻摇细胞板混合均匀。 C. 细胞板置于37℃、5% CO2培养箱中培养48-72小时。对于某些细胞对EpFed转染试剂比较敏感,可以在转染后4-6小时更换细胞培养液,转染效率无显著影响。 4)效果检测: 转染完成后48-72小时均可进行沉默/过表达效果检测,最佳检测时间与细胞类型、转染试剂、检测目的等相关。 siRNA基因沉默效率的常见测定方法和注意事项: QPCR检测:优先推荐QPCR检测RNA水平的沉默效果,推荐在24h到48h检测,可适当调整。QPCR检测沉默效果时,在设计引物时最好是将引物设计在沉默位点(靶序列)的两侧,而不是在同侧。因为RNAi引起的沉默是先进行mRNA的切割之后造成mRNA的降解。另外,即使设计在两侧,也不要离沉默位点(靶序列)太远的地方,不然可能会造成对沉默效果的低估。 WB检测:WB检测蛋白水平的沉默效果,一般在转染后48h到72h间提蛋白检测蛋白水平的沉默效果,检测时间跟目的蛋白的半衰期也有关系,具体的时间需要设计时间梯度,一般理想的是在72h最明显。
circRNA实验全解 实验原理 在组织或细胞中提取的total RNA通常包含多种RNA。为了准确分析circRNA,首先需要去除样本中的核糖体RNA和poly-A RNA干扰,然后用RNase酶消化掉线性RNA,从而使circRNA富集。 实验目的 从总RNA中富集circRNA,采用Northern blot和特异的PCR进行验证,并对circRNA的成环特性进行评估。 ꠥꌦ料 RNA提取试剂盒 核糖体RNA去除试剂盒 PolyA结合磁珠 RNAaseR试剂盒 放线菌素D Northern blot试剂盒 发散引物RT-PCR 实验步骤 4.1 RNA提取 样品处理 组织样品:加入400ul Trizol溶液到装有绿豆大小组织块的EP管中,利用电动组织匀浆器在冰上充分匀浆1-2min,后放置室温充分裂解10min。 细胞样品:12孔板细胞弃去上清,每孔加入600ul Trizol溶液。先在冰上裂解15-20min,再用1ml移液枪吹打液体充分裂解贴壁细胞,后将液体转移到RNasefree EP管中。 RNA提取 按1:5比例,在Trizol溶液中加入氯仿,手动充分摇匀混合液20-30s,室温放置10min。 4度1200g离心10min,小心转移上层透明液体到EP管中。 按异丙醇与Trizol溶液比例为1:2加入异丙醇,上下颠倒混匀液体,室温放置10-15min。 4度1200g离心10min,弃去上清,可见羽毛状RNA沉淀于管侧底部。按等比例加入75%乙醇,温和地悬浮RNA沉淀。 4度7500g离心5min,尽量吸除上清,室温晾干5-10min。用20ul RNase free dH20溶解RNA,测浓度后-80度保存。 总RNA定量 RNA在260nm波长处有最大吸收峰,可通过测定RNA样品的OD260和OD280估算出RNA的含量和纯度。OD260值为1相当于40ug/ml单链RNA,该方法提取的RNA OD260/280值在0.8-2之间。 circRNA的预处理 去除核糖体RNA和poly-A RNA 使用Invitrogen的核糖体RNA去除试剂盒RiboMinusTM Human/Mouse Transcriptome Isolation Kit(货号K1550-01)。 通过磁珠法结合Poly(A)的RNA后剩余的RNA即为Poly(A)-RNA样品。 RNAaseR酶消化 RNase R是一类核糖核酸外切酶,能降解大部分线性RNA,但circRNA不易被RNase R酶消化降解。因此可以通过该实验鉴别circRNA和线性RNA。 准备总RNA样品:提取细胞或组织的总RNA,测浓度后备用。 RNaseR反应体系:取5ug total RNA样品按下面体系准备消化。 短暂旋转试管,添加5xFirst-StrandBuffer, 0.1MDTT, RNasin和SuperScriptM RT,轻轻移液并将反应液在25℃下孵育5分钟。 在50℃下孵育60分钟,然后通过灭活反应在70℃加热15分钟。 发散引物可以扩增circRNA,而不能扩增线性RNA。 参考文献 Chen et al. (2015). Isolation of non-polyadenylated and ribosomal-free RNAs from mammalian cells. Methods Mol Biol 1206, 69-80. Yang et al. (2016). Characterization of Circular RNA. Methods Mol Biol 1402, 215-227.
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